Poza ograniczeniem zakresu opodatkowania - bądź przez nieuznawanie podmiotu za podatnika, bądź wprowadzenie zwolnienia - podatnik, będący organem administracji rządowej lub samorządowej, traktowany jest tak samo, jak każdy inny podatnik. Organy publiczne podlegają zatem takim samym obowiązkom w zakresie rejestracji, powstawania obowiązku podatkowego, składania deklaracji i zapłaty podatku. Jednocześnie - ponieważ podstawowa działalność takiego podmiotu nie jest opodatkowana - uprawnienie organu publicznego do odliczenia podatku doznaje w praktyce istotnych ograniczeń. Zdecydowana większość zakupów jest w istocie związana z działalnością nieopodatkowaną, dlatego najczęściej występuje on w roli ostatecznego konsumenta, a nie podatnika VAT.

Zgodnie z podstawową definicją podatnika podatku od towarów i usług, zawartą w art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą - bez względu na cel lub rezultat tej działalności.